甲单位为一家省级事业单位，按其所在省财政厅要求，执行中央级事业单位部门预算管理、国有资产管理等相关规定。2017 年 9 月 20 日，甲单位新任总会计师谢某召集由财务处、资产管理处负责人及相关人员参加的工作会议，了解到以下情况： (1)关于 2017 年预算执行及重大事项的会计处理： ①3 月，甲单位采购的固定资产已到货验收，并收到代理银行转来的用于支付 A 供货商货款的“财政直接支付入账通知书”，通知书中注明的金额为 30 万元。甲单位将 30 万元确认为事业 支出，并增加财政拨款收入 50 万元。 ②4 月，甲单位某实验室修缮项目完成，结余资金 25 万元，将这些结余资金用于支付职工食堂基建工程款。 ③5 月，甲单位根据批准的办公楼扩建项目支出预算(超出政府采购限额标准，但不属于集中采购目录范围)，分管领导决定直接委托某建筑安装工程公司承接该扩建工程。 ④5 月，甲单位报经主管部门审核同意，报经财政部门备案后，以一栋闲置的办公楼进行对 外投资，取得的投资收益计入事业收入。 ⑤6 月，甲单位经相关部门审核和审批，用一台以前年度购置的仪器设备对外进行投资。该 仪器设备的账面价值为 150 万元，经评估确认的价值为 175 万元。甲单位增加 150 万元的对外投资，并增加事业基金(投资基金)175 万元，同时，减少固定基金和固定资产 150 万元。 ⑥甲单位一实验项目 A 已在 9 月 10 日前完成，项目支出已全部支付，形成财政拨款项目支出剩余资金 120 万元。财务处建议将项目 A 剩余的财政拨款资金自 10 月 1 日起直接追加用于存在资金缺口的监测项目 B。 ⑦按照规定程序报经批准，甲单位于 9 月 18 日以自有资金融资租人成套设备一套，价值 900万元，设备已运抵甲单位。按照合同规定，甲单位从当年开始，于每年 7 月 1 日向租赁公司支付租金 150 万元，6 年付清-期满后，该套设备产权归属甲单位。财务处做法：本月增加固定资产和非流动资产基金各 900 万元，同时增加事业支出和其他应付款各 150 万元。 ⑧对一个在公开招标过程中因对招标文件作实质性响应的供应商不足 3 家而导致废标项目的处理，会议建议为了加快预算执行进度，将招标方法变更为竞争性谈判，并责成采购部门马上实施。 (2)关于 2018 年预算编制： ⑨甲单位拟申请财政专项资金，于 2017 年购置一台大型设备，购置费预算 1000 万元。财务处建议将该项支出列入 2018 年度预算草案，并在向上级主管部门报送预算草案及项目申报文本时一并递交资产购置申请。 ⑩2018 年，甲单位提取修购基金预算 550 万元。财务处建议按支出功能分类科目，列入“科 学技术支出”类；按支出经济分类科目，列入“其他资本性支出”类。 (3)内部控制执行情况： 货币资金控制措施：财务专用章由专人保管，分管财务的处长个人印章由其授权的综合科科 长李某保管；对重要的货币资金支付业务实行集体决策；银行存款余额调节表由出纳员王某负责定期编制。 实物资产控制措施：设备采购由采购部门确定需要量并提出设备购置申请书；采购的设备到 货后，由设备管理部门组织验收；设备验收合格后，由采购部门开具付款通知书，交财务部门办理付款手续。 要求： 根据国家部门预算管理、国有资产管理、行政事业单位内部控制、事业单位会计制度等相关规定：
依据资料和分析甲单位在内部控制中存在的缺陷，并简要说明理由。