某技术研究所系独立核算的事业单位，尚未实行国库集中支付和收支两条线制度。该研究所承担技术研究、推广、咨询和培训等工作。有关情况如下： （1）2002 年 8 月，该研究所原所长因经济问题被免职，陈某被任命为所长。 陈某上任之初，拟对研究所人事进行调整。在所长办公会上，所长陈某提出 3 项动议：一是建议聘任赵某为总会计师，赵某虽不懂会计，但工作认真、原则性强，具有高级工程师资格，在加强内部管理中能发挥技术优势；二是自己主抓科研，所里财务会计工作由副所长王某全权负责，所有财务收支和对外报送的财务会计报告最终由王副所长审批、签署；三是财会部原会计孙某因举报前所长经济问题受到开除处分，孙某遭受打击报复问题属实，建议撤销对孙某的处分，恢复 其名誉，安置到后勤部门当物资保管员。经研究，会议通过了所长陈某的动议 （2）2003 年 1 月，研究所办公楼改扩建工程项目及工程预算得到批准。工程项目预算资金400 万元。当年 2 月，改扩建工程项目公开招标，A 建筑公司中标。当年 11 月工程项目完工，经验收合格后投入使用。工程实际发生支出 320 万元，结余资金 80 万元。2003 年 11 月，所长陈某主持会议，研究办公楼改扩建工程项目有关问题。会上，财会部主任张某提请研究如何处理 80 万元工程结余资金。副所长王某表示：鉴于所里职工医药费缺 1：3很大，建议工程结余资金用于医药费支出，请财会部提出具体办法，进行技术处理。财会部主任张某没有表态，所长陈某与参会其他人员均表示赞同。会后，财会部主任张某感到很为难，迟迟未办，在副所长王某的一再催促下，当年 12 月，财会部主任张某与 A 建筑公司协商后，指示财会部将工程结余资金 80 万元以支付工程款的名义转到 A 建筑公司账上，将研究所 36 万元医药费单据转到 A 建筑公司报销，剩余资金留待以后职工医药费开支。 （3）2004 年 1 月，为了增加研究所的收入，财会部主任张某提出将研究所的一处闲置房屋对外出租的建议。所长办公会批准了该建议。2004 年 2 月，财会部主任张某与 B 商贸公司商谈房屋租赁事项，双方签订了房屋租赁合同。合同约定：租赁期自 2004 年 4 月 1 日起至 2006 年 3 月 31 日止；月租金 10 万元。2004 年研究所收到房屋租金共计 90 万元，未纳入研究所统一财务核算。 2004 年 12 月，所长陈某与副所长王某、总会计师赵某、财会部主任张某等商议年终奖金来源问题。所长陈某提出，将房租收人用于发放奖金。财会部主任张某认为，房租收入可能涉及交税问题。所长陈某则认为：研究所属于事业单位，不用交任何税款。副所长王某、总会计师赵某均没有提出异议。财会部主任张某根据所领导的意见。制订了奖金分配方案，将房租收人 90 万元全部作为年终奖金发给全体职工。 （4）2005 年 5 月，该研究所根据市财政局《关于开展先进会计工作者评选活动的通知》精神，决定推荐财会部主任张某为先进会计工作者候选人，在上报的推荐材料中，对财会部主任张某作出如下鉴定意见： 张某热爱会计工作，努力学习，工作认真，勤勤恳恳，坚持原则，依法办事，诚实守信，客观公正，廉洁自律，不贪不占，开拓创新，在研究所办公楼改扩建工程资金的申请、使用以及加强单位财务收支管理等方面，创造性地开展工作，作出了很大贡献。 要求：
根据会计、税收、预算法律制度的有关规定，分析、判断并指出该研究所上述（1）、（2）、（3）情形中的不合法之处，分别简要说明理由。