题目内容：
（二） A市税务稽查局2019年11月5日到一般纳税人甲公司进行税务检查发现如下问题： (1)甲公司于2019年6月将其于2008年3月外购的仓库对外转让，该仓库购入时的价值为200万元，转让价款为500万元（含税），甲公司选择按照简易计税办法缴纳增值税14.29万元。稽查局认为甲公司应按照500万元作为计税依据缴纳增值税，限期要求甲公司补缴增值税及滞纳金，同时处以应补缴税款50%的罚款。 (2)甲公司于2019年10月22日支付给境外某企业（境内无代理机构）一笔50万元的咨询费，经核查发现，该笔劳务费为境外企业为甲公司提供会计咨询所取得，甲公司未进行任何税务处理。 (3)甲公司2019年4月1日至10月31日利润表中营业收入合计为2890万元，包括销售商品收入、提供工程安装服务收入、公路运输服务收入、技术咨询服务收入。甲公司分别按各自适用的税率缴纳了增值税。但稽查局发现甲公司在会计核算时并未分别核算各自项目的收入。 要求： (1)根据资料(1)，分析甲公司纳税是否存在问题并简要说明理由，同时说明对税务稽查局的处理决定应当如何进行处理。 (2)根据资料(2)，说明甲公司应当履行哪些税务义务，并说明税务机关可以采取哪些处罚措施。 (3)根据资料(3)，说明甲公司将面临的税务处罚有哪些，并提供改进建议。
答案解析：