简答题：A公司为支付货款，向B公司签发了一张金额为200万元的银行承兑汇票，某商业银行甲作为承兑人在票面上签章。B公司收到汇票后

A公司为支付货款，向B公司签发了一张金额为200万元的银行承兑汇票，某商业银行甲作为承兑人在票面上签章。B公司收到汇票后将其背书转让给C公司，并注明“不得转让”。 C公司随后又将汇票背书转让给D公司，用于偿付工程款，并于票据上注明：“工程验收合格则转让生效。”
D公司为支付广告费，欲将汇票背书转让给E公司。但要求D公司之关联企业F公司与E公司签订了一份保证合同。该保证合同约定，F公司就D公司对E公司承担的票据责任提供连带责任保证。但是，F公司未在汇票上记载任何内容，亦未签章。
E公司于汇票到期日向银行提示付款，银行以A公司未在该行存入足额资金为由拒绝付款。
要求：
根据上述内容，分别回答下列问题：
（1）甲银行拒绝付款的理由是否合法？并说明理由。
（2）C公司对D公司的背书转让是否生效？并说明理由。
（3）A银行拒绝付款后，E公司可以向哪些当事人行使追索权？并分别说明理由。